Les thématiques présentes dans l'œuvre de Cheikh Anta Diop peuvent être regroupées en six grandes catégories :

a. L'origine de l'homme et ses migrations. Parmi les questions traitées : l'ancienneté de l'homme en Afrique, le processus de différentiation biologique de l’humanité, le processus de sémitisation, l’émergence des Berbères dans l’histoire, l'identification des grands courants migratoires et la formation des ethnies africaines.

b. La parenté Égypte ancienne/Afrique noire. Elle est étudiée selon les aspects suivants : le peuplement de la vallée du Nil, la genèse de la civilisation égypto-nubienne, la parenté linguistique, la parenté culturelle, les structures socio-politiques, etc.

c. La recherche sur l'évolution des sociétés. Plusieurs développements importants sont consacrés à la genèse des formes anciennes d'organisation sociale rencontrées dans les aires géographiques méridionale (Afrique) et septentrionale (Europe), à la naissance de l'État,.à la formation et l'organisation des États africains après le déclin de l'Égypte, à la caractérisation des structures politiques et sociales africaines et européennes avant la période coloniale ainsi qu'à leur évolution respective, aux modes de production, aux conditions socio-historiques et culturelles qui ont présidé à la Renaissance européenne.

d. L'apport de l'Afrique à la civilisation. Cet apport est restitué dans de nombreux domaines : la métallurgie, l'écriture, les sciences (mathématiques, astronomie, médecine, ...), les arts et l'architecture, les lettres, la philosophie, les religions révélées (judaïsme, christianisme, islam), etc.

e. Le développement économique, technique, industriel, scientifique, institutionnel, culturel de l'Afrique. Toutes les questions majeures que pose l'édification d'une Afrique moderne sont abordées : maîtrise des systèmes éducatif, civique et politique avec l'introduction et l'utilisation des langues nationales à tous les niveaux de la vie publique ; l'équipement énergétique du continent ; le développement de la recherche fondamentale ; la représentation des femmes dans les institutions politiques ; la sécurité ; la construction d'un État fédéral démocratique, etc. La création par Cheikh Anta Diop du laboratoire de datation par le radiocarbone qu'il dirige jusqu'à sa disparition est significative de toute l'importance accordée à "l'enracinement des sciences en Afrique".

f. L'édification d'une civilisation planétaire. L'humanité doit rompre définitivement avec le racisme, les génocides et les différentes formes d’esclavage. La finalité est le triomphe de la civilisation sur la barbarie. Cheikh Anta Diop appelle de ses vœux l'avènement de l'ère qui verrait toutes les nations du monde se donner la main "pour bâtir la civilisation planétaire au lieu de sombrer dans la barbarie" (Civilisation ou Barbarie, 1981). L’aboutissement d’un tel projet suppose :

- la dénonciation de la falsification moderne de l'histoire : "La conscience de l'homme moderne ne peut progresser réellement que si elle est résolue à reconnaître explicitement les erreurs d'interprétations scientifiques, même dans le domaine très délicat de l'Histoire, à revenir sur les falsifications, à dénoncer les frustrations de patrimoines. Elle s'illusionne, en voulant asseoir ses constructions morales sur la plus monstrueuse falsification dont l'humanité ait jamais été coupable tout en demandant aux victimes d'oublier pour mieux aller de l'avant" (Cheikh Anta Diop, Antériorité des civilisations nègres – mythe ou vérité historique ?, Paris, Présence Africaine, p. 12).

- la réaffirmation de l'unité biologique de l'espèce humaine fondement d’une nouvelle éducation qui récuse toute inégalité et hiérachisation raciales : "... Donc, le problème est de rééduquer notre perception de l'être humain, pour qu'elle se détache de l'apparence raciale et se polarise sur l'humain débarrassé de toutes coordonnées ethniques." (Cheikh Anta Diop, "L'unité d'origine de l'espèce humaine", in Actes du colloque d'Athènes : Racisme science et pseudo-science, Paris, UNESCO, coll. Actuel, 1982, pp. 137-141).

L'ensemble de ces grandes problématiques définit de façon claire et cohérente un cadre, des axes et un programme de travail.

L'apport méthodologique et les acquis du colloque du Caire

Pour sortir l'Afrique du paradigme anhistorique et ethnographique dans lequel anthropologues et africanistes l'avaient confinée Cheikh Anta Diop adopte une méthodologie de recherche qui s'appuie sur des études diachroniques, le comparatisme critique, la pluridisciplinarité : archéologie, linguistique, ethnonymie/toponymie, sociologie, sciences exactes, etc.. Grâce à une approche à la fois analytique et synthétique il lui a été possible de rendre aux faits historiques, sociologiques, linguistiques, culturels du continent africain, leur cohérence et leur intelligibilité. La nouvelle méthodologie en matière d'histoire africaine que préconise et met en œuvre Cheikh Anta Diop dans ses travaux est exposée dans son livre Antériorité des civilisations nègres – mythe ou vérité historique ?, (op. cit., pp. 195-214) et largement commentée par le professeur Aboubacry Moussa Lam (cf. bibliographie).

S'agissant de l'Égypte ancienne alors étudiée dans son contexte négro-africain, Cheikh Anta Diop écrit :

"Partant de l'idée que l'Égypte ancienne fait partie de l'univers nègre, il fallait la vérifier dans tous Ies domaines possibles, racial ou anthropologique, linguistique, sociologique, philosophique, historique, etc. Si l'idée de départ est exacte, l'étude de chacun de ces différents domaines doit conduire à la sphère correspondante de l'univers nègre africain. L'ensemble de ces conclusions formera un faisceau de faits concordants qui éliminent le cas fortuit. C'est en cela que réside la preuve de notre hypothèse de départ. Une méthode différente n'aurait conduit qu'à une vérification partielle qui ne prouverait rien. Il fallait être exhaustif" (Cheikh Anta Diop, Antériorité des civilisations nègres – mythe ou vérité historique ?, Paris, Présence Africaine, 1967, p. 275).

En 1970, l'UNESCO sollicite Cheikh Anta Diop pour devenir membre du Comité scientifique international pour la rédaction d'une Histoire générale de l'Afrique. Son exigence d'objectivité le conduit à poser trois préalables à la rédaction des chapitres consacrés à l'histoire ancienne de l'Afrique. Les deux premiers consistent en la tenue d'un colloque international, organisé par l'UNESCO, réunissant des chercheurs de réputation mondiale, pour d'une part, traiter de l'origine des anciens Égyptiens, et d'autre part faire le point sur le déchiffrement de l'écriture méroïtique. En effet, une confrontation des travaux de spécialistes du monde entier lui paraissait indispensable pour faire avancer la science historique. Le troisième préalable concerne la réalisation d'une couverture aérienne de l'Afrique afin de restituer les voies anciennes de communication du continent.

C'est ainsi que se tient au Caire du 28 janvier au 3 février 1974, organisé par l'UNESCO dans le cadre de la Rédaction de l'Histoire générale de l'Afrique, le colloque intitulé : "Le peuplement de l'Égypte ancienne et le déchiffrement de l'écriture méroïtique".

Ce colloque rassemble une vingtaine de spécialistes appartenant aux pays suivants : Égypte, Soudan, Allemagne, USA, Suède, Canada, Finlande, Malte, France, Congo et Sénégal. La contribution très constructive des chercheurs africains tant au plan méthodologique qu'au niveau de la masse des faits apportés et instruits, a été reconnue par les participants et consigné dans le compte-rendu du colloque, notamment dans le domaine de la linguistique : "un large accord s'est établi entre les participants". "Les éléments apportés par les professeurs DIOP et OBENGA ont été considérés comme très constructifs. (…) Plus largement, le professeur SAUNERON a souligné l'intérêt de la méthode proposée par le professeur OBENGA après le professeur DIOP. L'Égypte étant placée au point de convergence d'influences extérieures, il est normal que des emprunts aient été faits à des langues étrangères ; mais il s'agit de quelques centaines de racines sémitiques par rapport à plusieurs milliers de mots. L'égyptien ne peut être isolé de son contexte africain et le sémitique ne rend pas compte de sa naissance ; il est donc légitime de lui trouver des parents ou des cousins en Afrique."cf. Histoire générale de l’Afrique, Paris, Afrique/Stock/Unesco, 1980, pp. 795-823.

S'agissant de la culture égyptienne : "Le professeur VERCOUTTER a déclaré que, pour lui, l'Égypte était africaine dans son écriture, dans sa culture et dans sa manière de penser. Le professeur LECLANT a reconnu ce même caractère africain dans le tempérament et la manière de penser des Égyptiens."

Le rapport, dans sa conclusion générale indique que "La très minutieuse préparation des communications des professeurs Cheikh Anta DIOP et OBENGA n'a pas eu, malgré les précisions contenues dans le document de travail préparatoire envoyé par l'UNESCO, une contrepartie toujours égale. Il s'en est suivi un véritable déséquilibre dans les discussions."

Depuis 1974, les découvertes archéologiques, les études linguistiques, les études génétiques, l'examen de la culture matérielle, l'étude de la philosophie, etc. ne font que confirmer chaque jour davantage les grandes orientations de recherche recommandées par le Colloque du Caire.